民主革命時(shí)期
1906年從日本回國,積極參與昆明人楊振鴻等組織的“興漢會(huì )”,成為中堅力量。1920年重視云南省的文化教育,支持唐繼堯創(chuàng )辦東陸大學(xué)(今云南大學(xué))參與籌備東陸大學(xué)工作。1922年被任命為東陸大學(xué)名譽(yù)校長(cháng),并連續擔任三屆校董事會(huì )董事。1923年孫傳芳、段祺瑞、張作霖的代表與各省的代表在上海會(huì )談,聯(lián)名通電曹錕賄選,仍然作為云南省的代表出席。
大革命時(shí)期
1925年3月任命其(時(shí)任云南財政總長(cháng)兼仕學(xué)館副館長(cháng))為執政政府教育總長(cháng)。時(shí)正值以北京女師大為首的學(xué)潮風(fēng)起,上任即引起北京各學(xué)校師生的強烈反對。在魯迅《兩地書(shū)》中有記載:4月10日因北女師大校長(cháng)事,許廣平寫(xiě)信給魯迅說(shuō):“此君(指王九齡)手里能夠得個(gè)好校長(cháng)么?”4月22日魯迅回信說(shuō):“由我看來(lái),王九齡要好得多罷。校長(cháng)之事,部中毫無(wú)所聞,此人之來(lái),以整頓教育自命,或當別有一反從前一切之新法(他是大不滿(mǎn)于今之學(xué)風(fēng)的)?!?月底托辭離職回云南,由章士釗暫兼教育總長(cháng)。1927年任云南省省務(wù)委員。
抗日戰爭時(shí)期
先后歷任云南省總檢察廳總裁委員,云南省鹽運使,云南省高等法院委員,蒙自海關(guān)監督,云南省議會(huì )聯(lián)署議員,云南省云龍縣顧問(wèn),云南省佛教會(huì )理事長(cháng)、佛教院董,云南省參議會(huì )第一屆三次會(huì )議議員等職務(wù)。
解放戰爭時(shí)期
晚年息政退隱,潛心佛學(xué)研究,與虛云法師過(guò)從甚密。1945年將所珍藏的全部佛經(jīng)捐贈給華亭寺。雖離開(kāi)家鄉較早,但無(wú)時(shí)不在關(guān)心家鄉的發(fā)展。1946年經(jīng)多方努力,功果吊橋得以建成。1949年任云南人民和平促進(jìn)會(huì )理事,為云南的和平解放作出了貢獻。 中華人民共和國成立后,他于1950年將一生所收藏的文物古籍捐贈給人民政府,以宗教界人士參加政協(xié)云南省第一屆委員會(huì )議。 1951年9月17日,因腦溢血在昆明逝世,終年71歲。